Perpustakaan Vidyanidhi merupakan salah satu pelaksana kebijakan serta pembelajaran sekolah yang bersifat spesifik keilmuan perpustakaan. Keberadaan perpustakaan mendorong terwujudnya cita-cita yang diamanatkan dalam Undangundang Dasar Tahun 1945 yaitu mencerdaskan kehidupan bangsa. Sehubungan dengan itu, maka tujuan perpustakaan adalah memberikan layanan kepada pemustaka, meningkatkan kegemaran membaca, serta memperluas wawasan dan pengetahuan untuk mencerdaskan kehidupan bangsa.

Dalam rangka mencerdaskan kehidupan bangsa tersebut perlu ditumbuh kembangkan budaya gemar membaca melalui perpustakaan, perpustakaan juga sebagai wahana belajar sepanjang hayat. Perpustakaan Vidyanidhi berkontribusi dalam mewujudkan pembinaan minat baca di lingkungan sekolah dan menjamin budaya gemar membaca serta menciptakan budaya literasi.

Sejarah Perpustakaan Vidyanidhi sebenarnya sudah diawali sejak berdirinya sekolah ini pada tahun 2009. Dalam Perjalanannya di era yang semakin maju perpustakaan selalu mengalami dinamika perubahan dalam pembenahan perpustakaan baik dari segi fisik perpustakaan maupun program-program kerja untuk mengembangkan perpustakaan agar lebih maju, berkarakter dan dapat menjadi sarana penunjang utama dan bermanfaat bagi siswa-siswi maupun warga sekolah yang berada di Lingkungan Sekolah Ekayana Ehipassiko.

Di penghujung tahun 2019 Perpustakaan Vidyanidhi melakukan gebrakan yang luar biasa dalam mengembangkan Perpustakaan Sekolah yakni dengan melakukan perpindahan ruangan perpustakaan yang semula tempatnya dianggap kurang strategis yakni di Lantai 2 kemudian dipindah di Lantai 1. Seiring dengan inovasi yang dibuat oleh Perpustakaan Vidyanidhi untuk proses pengelolaan koleksi perpustakaannya sudah beralih menggunakan katalog digital, kini para pemustaka dimudahkan dengan sitem otomasi yang sudah diterapkan, semua itu bertujuan untuk memenuhi kebutuhan informasi para pemustaka di Sekolah Ekayana Ehipassiko.